Madagaszkár szigetének múltja messze a földtörténeti korokba vezet vissza, hiszen a hazánknál körülbelül hatszor nagyobb földdarab mintegy 50 millió évvel ezelőtt szakadt le az afrikai kontinensről. Az első emberi lények az i. sz. III. század táján léptek földjére. Első lakói a Délkelet-Ázsiából – valószínűleg Borneóról vagy Celebeszről – a kelet-afrikai partok érintésével érkezett maláj törzsek voltak, amelyek akkorra behajózták szinte az egész Indiai-óceánt. Ez a bevándorlási hullám, amelyhez később az afrikai kontinensről bantu törzsek is csatlakoztak, közel ezer éven át tartott.
A sziget írott története a VII. században kezdődött, amikor arab kereskedők telepedtek meg az északnyugati parton, és a maláj-polinéz nyelvcsaládhoz tartozó malgas nyelvet arab írásjelekkel kezdték lejegyezni, ez az úgynevezett sorabe. Néhány nagyobb törzsfőnökség, kezdetleges állam uralkodott a sziget nagyobbik része felett. A több évszázados együttélés, a hatalmi, törzsi harcok nyomán a maláj és bantu eredetű törzsek erős keveredésen mentek át, de apránként beolvadtak a XIV. század során nagyobb számban megtelepedett arabok is.
Az európaiak csak a 16. században, a nagy földrajzi felfedezések idején szereztek tudomást az óceánban megbújó szigetről. A leírások szerint 1500. augusztus 1-én Diego Dias portugál hajós pillantotta meg elsőként az ismeretlen szigetet, mégis az új terület felfedezőjeként – az ugyancsak portugál származású – Francisco de Almeidát ismerik el. A nagy gyarmattartó államok közül elsősorban Franciaország tett számos erőfeszítést, hogy megkaparintsa Madagaszkárt.
Ezekhez a törekvésekhez kapcsolódik a sziget közismert magyar vonatkozása, a Jókai Mór megörökítette katonatiszt és utazó, gróf Benyovszky Móric „királysága”. A világjáró gróf 1774-ben érkezett Madagaszkárra a francia monarchia megbízásából, s ott Louisbourg néven gyarmatot alapított. Kiváló diplomáciai érzékének és emberségének köszönhetően hamar elnyerte a bennszülött törzsfőnökök bizalmát, akik néhány év után királyukká emelték – ám ezzel szembekerült eredeti megbízójával, a francia királyi udvarral. Benyovszky modern államot kívánt kiépíteni diplomáciai és külkereskedelmi kapcsolatokkal, ám elképzelései megelőzték korát, Párizsban és Londonban is elutasították terveit.
Amerikából kalandos úton jutott „haza”, ahol a bennszülöttek élén a francia gyarmati hadsereggel vívott harcban esett el 1786-ban. A „király” halála után Madagaszkár fokozatosan francia kézre került. A XVIII. század vége felé a Merina Királyság uralma alatt egyesült sziget uralkodói többnyire nem voltak ellenségesek a franciákkal, örömmel vették az európai világ korszerű találmányainak, ideáinak meghonosítását. Így történhetett, hogy 1817-ben a merina uralkodó megállapodott Mauritius brit kormányzójával a rabszolga-kereskedelem betiltásáról. A korábban nyitott, az idegenekkel szemben befogadóan viselkedő sziget a 19. század elején I. Ravanalona királyné uralkodása idején bezárta kikötőit az európaiak előtt. A szigeten lévő külföldieket kivégezték, megkínozták, vagy egyszerűen csak elűzték. Ravanalona a külfölddel fenntartott kapcsolatokat minimálisra csökkentette. A királyság a franciák imperialista politikájának azonban nem sokáig állhatott ellen. A trónon anyját követő II. Radama királyt 1863-ban megölték, s bár utána még három királynőt is számlált a történelem, a (még) független Madagaszkár utolsó három – hatalomátvételi kísérletekkel tarkított – évtizedében tulajdonképpen Rainilaiarivony miniszterelnök gyakorolta a hatalmat, aki sorban a koronás asszonyok mindegyikének hitvese is volt. Igyekezett visszafogni a modernizációt, s a franciákkal szemben az angolok barátságát kereste.
Csakhogy 1883-ban kezdődött hódító háborút lezáró, a Merina Királysággal megkötött 1885-ös egyezmény értelmében végképp uralmuk alá kerítették a franciák Madagaszkárt, amit a rivális britek 1890-ben hivatalosan is tudomásul vettek. (Cserébe a franciák elismerték Zanzibár brit protektorátusát.) A sziget déli részén még sokáig fel-fellángolt az ellenállás, de a franciák lassan teljesen berendezkedtek Madagaszkáron. Uralmuk alatt az eredetileg domináns bennszülött-protestánskeverék kultúra lassanként háttérbe szorult a francia katolikus kultúrával szemben.
A gyarmat az első időkben jelentős társadalmi és gazdasági fejlődésnek indult. Az 1896-tól tíz éven át kormányzó Joseph Gallieni tábornok állami iskolákat nyitott, létrehozta az orvosi ellátást a malgasok számára. Ösztönözte a malgas nyelv és népszokások tanulmányozását, s ennek érdekében megalapította a Malgas Akadémiát. Új trópusi haszonnövényeket honosított meg, hogy erősítse az ország gazdaságát. Politikája mintakép lett utódai számára, ám utódainak munkája már kevesebb sikerrel járt.
A II. világháborúban malgas katonák harcoltak a francia seregben Európában, Marokkóban és Szíriában. Beláthatatlan következményekkel járó szerepet szánt a náci vezetés a szigetnek az úgynevezett Madagaszkár-tervben. Egy korábbi lengyel ötletet felelevenítve Franciaország lerohanása után, 1940-ben a németek négymillió európai zsidó kitelepítését tervezték az Afrika keleti partjai mentén elterülő szigetre. Csakhogy a francia flottát nem sikerült megkaparintaniuk, így lehetetlenné vált a brit uralom megtörése az Indiai-óceán nyugati részén, ráadásul egy évvel később az angliai légi csatában is vereséget szenvedett a náci légierő, így Hitlernek le kellett mondania e terv megvalósításáról.
A világháború után Madagaszkár Franciaország tengerentúli megyéje lett, majd 1947-ben több mint egy esztendőn át húzódó nemzeti felkelés tört ki, amelyet a franciák végül levertek. A gyarmatbirodalmak felbomlásának folyamata, az afrikai függetlenségi törekvések azonban arra késztették Párizst, hogy befolyása megőrzése érdekében maga nyissa meg Madagaszkár számára a függetlenné válás útját. Ennek jegyében 1956-ban reformokat vezettek be, majd 1958-ban kikiáltották az egykori gyarmatbirodalmat összefogó Francia Közösségen belül autonóm Malgas Köztársaságot. Végül az alkotmány elfogadása után, 1960. június 26-án Madagaszkár teljesen függetlenné vált.